根据国家税务总局印发的《企业研究开发费用税前扣除管理办法（试行）》（国税发〔2008〕116号）、《财政部 国家税务总局关于研究开发费用税前加计扣除有关政策问题的通知》（财税〔2013〕70号）和《财政部 国家税务总局关于中关村 东湖 张江国家自主创新示范区和合芜蚌自主创新综合试验区有关研究开发费用加计扣除试点政策的通知》（财税〔2013〕13号）的有关规定，现就具体落实中的有关问题通知如下，请遵照执行。
一、根据《上海市国家税务局 上海市地方税务局关于转发<国家税务总局关于企业所得税税收优惠管理问题的补充通知>和本市实施意见的通知》（沪地税所〔2010〕26号）的规定，对企业研究开发费用加计扣除事项管理规程进行修订（附件1）。
二、根据国税发〔2008〕116号第十条“企业必须对研究开发费用实行专账管理”的规定，企业研究开发项目实际发生的研究开发费用支出，应当按照国家统一会计制度，在研发支出类科目下明细核算。对2013年12月31日未完成的企业研究开发项目和2014年1月1日后登记的研究开发项目，自2014年1月1日起建立研究开发费用专账管理制度，设置“企业研发支出多栏式明细账汇总表”（附件2）。
集团公司集中研究开发项目需要分摊研究开发费用的，集团公司应按照集中研究开发项目协议或合同的约定，设置“研发支出多栏式明细账”，归集全部研究开发费用支出、结转集团公司应当承担的部分，确定各成员单位应当分摊的明细费用。各成员单位也应设置“研发支出多栏式明细账”，记录本单位应当承担的研究开发费用。成员单位主管税务机关根据企业集团主管税务机关告知的复核结果，编制成员单位集中研究开发项目登记号，并以《企业研发项目登记信息告知书》形式，将研究开发项目登记号告知成员单位。
三、各主管税务机关应加强企业研究开发项目的核对工作。对无异议或不予登记的项目，向企业出具《企业研发项目登记信息告知书》，告知项目登记号或不予登记的原因（如系集中开发项目，由企业集团主管税务机关同时抄告本市参与项目研发各成员公司的主管税务机关）。对有异议的项目，向企业出具《商请政府科技部门出具鉴定意见通知书》，统一受理《企业研究开发项目鉴定意见书》（修订后样式见附件3），每月末由企业所得税管理部门送相关政府科技部门，并做好回收工作。对政府科技部门出具的鉴定意见，各主管税务机关一般应予采纳；对不予登记和不予采纳鉴定意见的项目，要及时会同市局共同研究。对企业跨年度的研发项目，采用一次登记编号的办法。
四、各主管税务机关应按照市局《关于转发《国家税务总局关于印发＜企业研究开发费用税前扣除管理办法（试行）＞的通知》和本市实施意见的通知》（沪国税所〔2009〕14号）、《关于做好企业研究开发费用加计扣除政策落实工作的通知》（沪国税所〔2009〕19号）和《关于进一步做好企业研发费加计扣除政策落实工作的通知》（沪国税所〔2010〕11号）的有关要求，做好企业建立研究开发费用专账管理的宣传辅导工作，确保取得实效。
各主管税务机关应按照市局与市科委联合下发的《关于转发<浦东新区企业研发费用加计扣除操作流程>的通知》（沪地税所〔2012〕64号）要求，进一步做好与相关政府科技部门沟通协调工作。
五、本通知从2013年1月1日执行。沪地税所〔2010〕26号所附《<企业研究开发费用加计扣除>事项管理规程》和沪国税所〔2009〕19号第二条第二款第二项规定相应废止。
附件：1.企业研究开发费用加计扣除事项管理规程
2.企业研发支出多栏式明细账汇总表（样式）
3.企业研究开发项目鉴定意见书
4.企业研究开发费用项目专账管理案例。